Die
Luftwaffe ist funktional gegliedert. Die Organisation trägt den
Erfordernissen der nationalen Führung Rechnung und stellt die Einbindung
in die NATO-Führungsorganisation sicher. Seit 1990 wurde die Luftwaffe
schrittweise neu geordnet. Der Personalumfang wurde erheblich reduziert
und die Struktur den künftigen Aufgaben angepaßt. Gleichzeitig war nach
der Vereinigung erstmals die uneingeschränkte nationale Lufthoheit über
dem gesamten Bundesgebiet zu wahren und gemeinsam mit den Bündnispartnern
zu schützen. Dem Inspekteur
der Luftwaffe unterstehen unmittelbar der Befehlshaber
Luftwaffenführungskommando (LwFüKdo), der Kommandeur
Luftwaffenunterstützungskommando (LwUKdo) und der Amtschef Luftwaffenamt
(LwA). Das LwFüKdo führt alle Einsatzkräfte der Luftwaffe. Die
Luftwaffenkommandos NORD und SÜD führen je zwei Luftwaffendivisionen. Die
Kommandierenden Generale der Luftwaffenkommandos sind gleichzeitig
Kommandeure der regional zuständigen Interim Combined Air Operations
Centers (ICAOC). Damit unterstehen ihnen auch Luftverteidigungs- und
Luftangriffskräfte der Bündnispartner. Die Zusammenlegung der
Luftwaffenkommandos NORD und SÜD mit den ICAOC dokumentiert die
Harmonisierung von nationaler und NATO-Einsatzführung. 
Zur
Planung gemeinsamer Kriseneinsätze hat die NATO den Reaction Forces Air
Staff beim Luftwaffenkommando NORD eingerichtet. Die Luftwaffendivisionen
sind für die personelle und materielle Einsatzbereitschaft sowie für die
Ausbildung und Versorgung der unterstellten Verbände zuständig. Das
Luftwaffenführungsdienstkommando und das Lufttransportkommando nehmen
zentrale Fachaufgaben wahr. Dem Luftwaffenführungsdienstkommando
unterstehen die Fernmelderegimenter und die Kräfte der
fernmeldeelektronischen Aufklärung, dem Lufttransportkommando die
Lufttransportverbände der Luftwaffe. Das LwUKdo ist für alle
Angelegenheiten der logistischen Unterstützung sowie für die materielle
Einsatzbereitschaft der Verbände und Dienststellen verantwortlich. Dazu
sind ihm das Materialamt der Luftwaffe und sechs
Luftwaffenversorgungsregimenter unterstellt und die Aufgaben der
Luftwaffenrüstung zugeordnet.Das LwA ist für die Ausbildung der gesamten
Luftwaffe zuständig und nimmt in Teilen für die Bundeswehr weitere
übergreifende Aufgaben wahr. Dazu sind ihm Dienststellen und Einrichtungen
der Ausbildung, der Personalführung, der Wehrgeophysik, der Flugsicherung
sowie der Generalarzt der Luftwaffe zugewiesen. Die Friedensgliederung der
Luftwaffe bleibt auch in Krise und Krieg erhalten.
Dem LwFüKdo werden in Krise und Krieg
das LwUKdo und das LwA für den Einsatz unterstellt. Die Kräfte der
Luftwaffe sind in Krisenreaktionskräfte (KRK), Hauptverteidigungskräfte
(HVK) und in die Militärische Grundorganisation (MGO) eingestuft. Zur MGO
gehören überwiegend Verbände zur Führung der Luftwaffe, zur Unterstützung
des Betriebes und zur Durchführung von Ausbildung und Versorgung. Die HVK
bestehen aus unterschiedlich präsenten und aufwuchsfähigen Verbänden. Ihr
Kernauftrag ist Landes- und Bündnisverteidigung.
Die Luftwaffe hat
grundsätzlich keine reinen KRK-Verbände. Verbände mit
Krisenreaktionsauftrag schließen grundsätzlich auch Anteile von HVK und
MGO ein. Die KRK der Luftwaffe haben einen Umfang von 12.300 Soldaten.
Davon ist der NATO ein bestimmter Umfang als Reaction Forces (Air)
zugesagt.